Dekanat Ekonomskog fakulteta u Nišu se sastoji od dekana i tri prodekana: za materijalno-finansijska pitanja, za naučni rad i nastavna i studentska pitanja.

Na osnovu člana 114. i 115. Statuta Ekonomskog fakulteta u Nišu, Savet Fakulteta na Konstitutivnoj i I sednici održanoj 18.02.2010. godine doneo je ODLUKU o verifikaciji mandata članova Saveta Ekonomskog fakulteta Univerziteta u Nišu

Nastavno-naučno veće Fakulteta čine svi nastavnici i saradnici.

Pri odlučivanju o pitanjima koja se odnose na osiguranje kvaliteta nastave, reformu studijskih programa, analizu efikasnosti studiranja i utvrđivanje broja ESPB bodova, u Veću i njegovim telima učestvuju i predstavnici studenata (studenti čine 10% članova).

Za implementaciju Bolonjskog procesa, koji je u Srbiji započet pre četiri godine, a konkretno i donošenjem Zakona o visokom obrazovanju, kao jedna od važnih smernica ističe se partnerski odnos nastavnika i studenata. U novom sistemu studiranja student više ne sme biti samo pasivni objekat u nastavnom procesu, već aktivna strana, čije će se mišljenje i inicijative razmatrati i sprovoditi radi poboljšanja kvaliteta visokog obrazovanja.